Samfundet bildades 1889 som en följd av en donation från den historiskt intresserade garverifabrikören Jacob Westin i Stockholm, som i ett testamente daterat 1878 skänkte 50 000 kronor, vilka skulle gå till bildandet av »ett vetenskapligt Samfund, som skall egna sin verksamhet åt befordrandet af de Filosofiska, Filologiska och Historiska vetenskaperna». Samtidigt skänktes stora samlingar av böcker och handskrifter till Uppsala universitetsbibliotek. På grund av ursprungsdonationen kallas Samfundet ibland lite vanvördigt för Garveriet. Till Westins minne kallas ett av Samfundets priser, som varje år utdelas för två förtjänta doktorsavhandlingar, för Westinska priset.