Stipendier kan ges till doktorander vid Uppsala universitet inom Samfundets ämnesområden för kostnader avseende deltagande i konferenser, materialinsamling eller forskarkontakter.
Stipendier kan inte sökas direkt av doktoranden, utan det är ledamöter av Samfundet som föreslår mottagare. Till förslaget ska fogas en kostnadsberäkning. Stipendier kan täcka kostnader för resa, logi och konferensavgifter, däremot inte traktamente e.d. Enligt nuvarande praxis är det maximala stipendiebeloppet 15 000 kronor.
Stipendier utdelas två gånger årligen, med förslagstiderna senast 30 september respektive 15 februari. Förslag lämnas till sekreteraren. En stipendiekommitté inom Samfundet bereder och ger förslag, varefter Samfundet vid sammankomst beslutar om stipendierna.